Вандербильт Ультра-Жұмсақ Псевдопотенциала Сайты

Ерекше Пост http://www.physics.rutgers.edu/~dhv/uspp/

Ратгерский университеті Кафедрасы Физика және Астрономия

Вандербильт Ультра-Жұмсақ Псевдопотенциала Сайты

Бұл жерде негізгі бөлу торабы `Ultraыофт ПseudoРotential” (УСПП) кодты генерациялау тобы Дэвид Вандербильта ” Рутгерском университеті.

Мазмұны

Қарап отырып, мен скачивая УСПП пакеті

Қабылдауға бірінші көзқарас бұл пакет танысуға және оның құрлымын, сіз көре соңғы нұсқасын түрінде АҒАШ КАТАЛОГТАР.

Алайда, пайдалану үшін пакет сіз оны жүктеп алу үшін, төменде сипатталғандай.

Фортран көздерін псевдопотенциала буын

Бұл код еркін таралады лицензиясы астынан GNU GPL шектеулі мемлекеттік лицензия. Сіз оны пайдалану үшін меншікті зерттеу мақсаттары, немесе беруге, оны басқа тұлғаларға арналған ұқсас пайдалану. Алайда, төмендегі жағдайды ескеріңіз шектеулер:

  • Коды кепілдік бермейді безглючную.
  • Сапасы pseudopotentials генерацияланатын кіру файл кепілдік берілмейді.
  • Жоқ белсенді қолдау үшін беріледі бұл пакет.

“Фортране көздерден УСПП пакеті бастау шығару 7.3.3 (успп-733). Алдыңғы нұсқалары кең таралды, электрондық пошта арқылы сұрау ғана; соңғы оның ішінде “А7.3.2″. Қаншалықты Фортран көздері алаңдаушылық, успп-733 болып табылады, мәні бойынша, функционалды-баламалы А7.3.2 (тек өте ұсақ түзетулер және косметикалық жақсартулар жасалды өту А7.3.2-успп-733).

Негізгі өзгерістер көшу кезінде А7.3.2-успп-733 болып табылады ірі қайта құру құрылымын каталогтар, файлдар makefile, құжаттама және қосу кітапхана ықпал етті pseudopotentials.

См. Көзі/readme үшін түйіндеме жетілдіру – бастапқы кодтары бір шығарудың басқа, оның ішінде жетекші ең соңғы успп-736. Ең егжей-тегжейлі ақпарат босату туралы тарих табуға болады жоғарғы жағында ескертулер жасайды алғашқы бірнеше жүздеген жолдарының негізгі бағдарламаның runatom.Ф.

Pseudopotentials Кітапхана

Екі кітапхана pseudopotentials талқыланады осы – бөлім.

Бірінші-бұл Гэррити-Беннетт-жұ-Вандербилт (GBRV) Кітапхана әзірленген 2013 жылы Кевин Ф. Гэррити, Джозеф У. Беннетт, Қарин М. рабе және Дэвид Вандербильта сипатталғандай, “Pseudopotentials үшін жоғары өнімді есептеулер ЕӨҚ,” ұсынылған комп. Матер. ТСМ. (конд-мат 1305.5973). Бұл кітапхана әзірленді және сыналуы үшін пайдалану жоғары өнімді есептеулерде, талап дәл, кешенді және есептеу арзан псевдопотенциала кітапхана, және ол сыналуы көптеген желімдеу орталарда.

Екінші-бұл Мұрасы “Кітапхана” pseudopotentials жинап алып , уақыт ішінде, негізінен мүшелері Вандербильта топ негізінен 1990-шы және 2000-шы жылдардың. Бұл кітапхана болып табылады толық емес, нерегламентированных емес, жүйелі түрде сынақтан өткізілді.

  • GBRV Кітапханасы“GBRV өткізу қабілеті жоғары псевдопотенциала кітапхана үшін арналған жоғары өнімді есептеулер ЕӨҚ, орындауды талап етеді жүздеген есеп айырысу емес, тексерілуі мүмкін жеке. Атап айтқанда, кітапхана болып табылады: 1) кешенді, 2) робастно дәл, және 3) есептеу арзан. Біз әзірледік кітапханаға арналған бір, төмен жазық толқындар қималар мен тексердім салыстыру жолымен барлық-электрон үшін есеп айырысу түрлі металл, иондық, және ковалентно-байланысты материалдар. Біз табамыз, бұл “GBRV кітапханасы береді тұрақты торлар, көлемді модульдер, және магниттік сәттерді олар көп жалпы, дәлдігі, басқа да кешенді псевдопотенциала кітапхана, және салыстырмалы немесе неғұрлым төмен құнын есептеу.Уақыт үшін оңтайландырылған жоғары өнімді есептеулер, pseudopotentials болуы тиіс үшін лайықты көптеген қосымшалар.

    Үшін мұнда басыңыз ресми GBRV Кітапхана веб-сайта.

  • Мұра КітапханасыБұл дистрибутив жүктеп алыңыз құрамында кітапханаға pseudopotentials бар құрылған топ мүшелері Вандербильта немесе берілген мүшелерінің неғұрлым кең қоғамдастық пайдаланушылар. Ағымдағы жай-күйі кітапхана былай түйіндеуге.
    Ультрамягкая Pseudopotentials
    Қол жетімді
    Қол Жетімді Емес

    Т ймешігін басы ыз элементі бойынша жинастыруды сізді каталогта-ағаш кітапханасы мазмұн үшін осы атом физикасы.

    Назар аударыңыз, ол орналастырылған емес псевдопотенциала деректердің өзінен-өзі, бірақ кіру файлдар үшін қажетті генерациялау псевдопотенциала. Осылайша, алу үшін тағы бір псевдопотенциала деректер, Сіз жүктеу және бумасын орнату және іске қосу рәсімін генерациялау үшін атом қызығушылық. Дегенмен, пакет әзірленді, осылайша бұл оңай.

    Жауапкершіліктен бас тарту: “Pseudopotentials, олар енгізді елеулі үлес қосты бұл кітапханаға, беріледі қандай да бір кепілдіктер, тікелей немесе жанама қатысты, олардың сапасы немесе тарату.Пайдаланушылар өз мойнына жауапкершілік тестілеу үшін мүмкіндіктерін тиісті түрде пайдалану алдында оларды қосымшалар.

    Кітапхана нысанын қабылдайды каталогтар ағашы кемуі бойынша бас “Жұмыс каталогы. Көру ағымдағы мазмұнды кітапхана, шолу бұл каталог Work, тікелей немесе өтіңіз HTML-кестесініңжоғары. Жоғары деңгейдегі бар аттар подкаталогов “022-” көрсете отырып, атомдық нөмірі және химиялық символы атом сұрақ. Төмен тұрған подкаталогов орындаңыз құрылымы атаулары қорытылды Жұмыс/ридмифайл.

    Генерациялау әлеуетін көруге, жолдау АА-ЖЫЛДАМ СТАРТ. Оның негізгі идеясы баруға к подкаталоги үшін барлық атомдар, олар Сізді және орындау ұсынылатын кезектілігі “айналдыру” командасы (“жасаңыз; жасаңыз орнату; сделать таза”). Бұл мүмкіндік береді жүктеу псевдопотенциала файл және файл readme” горшок/ каталог болатын белсенді кітапханасы потенциалдар.

    Үлес кітапхана қоры: Пайдаланушыларға ұсынылады ұсынуға кіру файлдар кеңейту үшін біздің кітапхана қолда бар әлеуеттерді. См. АА-түсініктерді үшін туралы ақпарат, ол. Назар аударыңыз, нұсқасының нөмірі (қазіргі уақытта 7.3.6) өзгермейді, өйткені қосымша кітапхана бастапқы файлдар. Тексеріңіз күні соңғы өзгерістер Жұмыс каталогты көру үшін, егер қажет болса соңғы нұсқасы кітапхана.

    Ерекше алғыс білдіріледіОрталығы атомдық масштабтағы Материалдарды физика (лагерь) техникалық университетінде Дания, және, атап айтқанда, Ларс Бруно Хансен, үшін любезно ұсынылған pseudopotentials тиісті көптеген ” Dacapo туралы айтып әр түрлі түрлері Кітапхана қолданылатын бөлігі ретінде Dacapo туралы айтып әр түрлі түрлері пакетін лагерь Ашық бағдарламалық қамтамасыз ету(КАРЛИСЛ). ” Dacapo туралы айтып әр түрлі түрлері Кітапхана тұрады двоичных деректер псевдопотенциала құрастырып, пайдалана отырып, ерте нұсқалары (А7.0.0) генерация кодының. Олар енді ауыстырылды толығымен келісіледі. “бұл схема және тексеріледі үйлесімділік таяу нұсқа (успп-736) кодын орнату міне. Бұл pseduopotentials бар олар жеткілікті жақсы тестіленді; қысқаша резюме тесты мүмкін тауып readme файлы және ақпарат және графикалық ақпарат табуға болады “кампус сайты. (Қазіргі уақытта, жағдай бойынша, 2002 жылдың желтоқсан потенциалдар, әдетте құрылады с PW91 атаулары gga алмасу-корреляция, бірақ ЛДА нұсқаларын, соған сенетін боламыз хабарлануға жақын арада.)

Танымалдығы

Әрқайсысы сілтемелер төмен нүктесі просмоленный және қысылған мұрағат бөлу аударылады кері хронологиялық тәртіппен. Бірінші бөлім атаулары (мысалы, “успп-736″) жатады босату “фортране көздерден bin/ директорию. Соңғы екі цифры (мысалы, “-0″) білдіреді реттілігі жаңарту мұндай заттар ретінде кітапхана pseudopotentials, құжаттама, немесе make-файлдар.

Көптеген жүйелер Unix, сіз распакуйте архив орындап, бірдеңе

 архивтеу успп-736-0.tgz"
 Тар моделін XF успп-736-0.Тар
 РМ успп-736-0.Тар

Жұмысқа кірісу

Егер сіз жай ғана сіз генерациялау бір немесе одан да көп pseudopotentials қазірдің өзінде енгізілген кітапхана, сіз табуға тиіс көптеген ақпаратты, сізге керек АА-жылдам старт, ол түсіндіріледі, компилировать іске бағдарламасын құру псевдопотенциала кітапхана файлдардың параметрлері.

Егер сіз көп амбициозны және өзгерту келеді қазіргі псевдопотенциала немесе құруға мүлдем жаңа, қараңыз Док/оқулық.

Назар аударыңыз, бұл әдепкі псевдопотенциала құрастырып, қалай неформатированный екілік деректер файлын сипатталғандай, құжатта doc/Формат. Қажет болған жағдайда, ол болып қайта құрылды отформатированном түріндегі көмегімен қызметтік бағдарлама реформалар.Ф каталогына утилиттер.

Құжаттама

Келесі файлдар болуы мүмкін кейбір көмек алуға бағытталған:

  • АА-ЖЫЛДАМ СТАРТ: Қысқаша нұсқаулар бойынша компиляция және іске қосу бағдарламасының генерациясы үшін әлеуеті кітапхана.
  • Док/оқулық: егер сіз жаңа псевдопотенциала өз, бұл орын смотреть. Бұл сондай-ақ көмектеседі сапасын бағалау қазіргі әлеуетін кітапханасында бере отырып, кейбір кеңестер туралы бұл қарап шығу файлды.
  • Док/INPUT_AE: Сипаттамасы құрылымы кіріс файлы үшін алдын-ала барлық электрондардың жүгіреді.
  • Док/INPUT_GEN: Сипаттамасы құрылымы кіріс файлы үшін псевдопотенциала ұрпақ жұмыс істейді.
  • Док/Форматы: Өнімнің Сипаттамасы файл құрылымы мен бағыттары конверсиялау отформатированном.
  • Ал utils/read_uspp.Ф: үлгісі бағдарлама береді қысқаша түйіндеме псевдопотенциала файлдық құрылымы.
  • Көзі/runatom.Ф: бұл негізгі бағдарлама фортране. Бар кейбір ішкі құжаттар бастапқы код.

Әдебиетте сілтемелер ультрамягкой pseudopotentials, ең алдымен, бұл:

  • Дэвид Вандербильта, `жұмсақ самосогласованного Pseudopotentials жалпылама Өзіндік Мәні Болатын,” Уфн. Откр. Б 41 (Жедел Байланыс), 7892 (1990). (журналы көшіру,жергілікті көшірмесі)
  • Қари Laasonen, Роберто автомобильдің Changyol Ли, Дэвид Вандербильта, `Іске асыру Ультра-жұмсақ Pseudopotentials ” AB-initio есептеулер Молекулалық Динамика,” Уфн. Откр. Б 43(Жылдам Коммуникация), 6796 (1991). (журналы көшіру,жергілікті көшірмесі)
  • Қари Laasonen, Альфредо Pasquarello, Changyol ма, Роберто автомобиль және Дэвид Вандербильта, `- Автомобиль Парринелло Молекулалық Динамика с Вандербильта ” Ультрамягкой Pseudopotentials,” Уфн. Откр. Б 47, 10142 таңдалған (1993). (журналы көшіру,жергілікті көшірмесі)

Қауымдастық пайдаланушылар

Маған белгілі келесі ашық бастапқы коды бар, олар пайдалана алады ультрамягкая pseudopotentials порожденные бұл пакет:

  • Dacapo туралы айтып әр түрлі түрлері.Dacapo туралы айтып әр түрлі түрлері бір бөлігін білдіреді Лагерь Ашық бағдарламалық қамтамасыз ету (КАРЛИСЛ) Орталығы атомдық масштабтағы Материалдарды Физика (Лагерь) техникалық Университеті Дания. Бұл-энергетикалық бағдарламасын, негізделген теориясы функционалын тығыздығын пайдалана отырып, жазық толқындар негізінде және Вандербильт ультрамягкая pseudopotentials. Бағдарлама орындайды самосогласованного есеп айырысулар екі жақындағаны жергілікті тығыздығы (lda) және әр түрлі Жалпылама Градиентная аппроксимациялау (атаулары gga) алмасу-корреляция әлеуеті. Ол орындай алады молекулалық және құрылымдық динамикасын расслаблений мүмкін скомпилирован үшін seriel сондай-ақ параллель орындау көптеген аппараттық платформалар.”Dacapo туралы айтып әр түрлі түрлеріне бөлу қамтиды кітапхана ультрамягкой pseudopotentials қамтитын көптеген периодтық Кестесі құрылған пайдалана отырып, ерте нұсқасы А7.0.0 бұл пакет. Алайда dacapo туралы айтып әр түрлі түрлері Кітапхана маманданған беру “pseudopotentials өзін бинарном түрінде емес, генерация кіру файлдар. Соңғы ұсынды мұнда көптеген элементтердің Dacapo туралы айтып әр түрлі түрлері кітапхана. Қосымша ақпарат алу үшін, қараңыз жоғары.
  • PWSCF.PWSCF (ұшақ-толқын самосогласованного өріс) – бұл жинағы бағдарламалар электрондық құрылымы есеп айырысу шегінде тығыздығы функционалдық теориясы мен тығыздығы функционалдық теориясы қалыптан пайдалана отырып, ұшақ-толқын базистік жинағы. Бастапқы авторлары С. Барони, С. де Gironcoli, А. Даль Корсо, және Т. Giannozzi. Ол бірнеше дәм норма-сақтау pseudopotentials және екі түрлері ультрамягкая (қараңыз: мұнда; “модуль” көрсетеді үйлесімділігі осы пакет ал “RRKJ3″ – бұл басқа формат). Ал бұрын нұсқасы осы кодты пакеті бар кейбір шектеулер ретінде қандай функция пайдаланылуы мүмкін ультрамягкой потенциалдар, бұл шектеулер бар қазір, негізінен, қазірдің өзінде жойылады, басқа болады, бұл есептеулер үшінші тәртібін туындылары әлі де үйлеспейтін ультрамягкой әлеуеті.
  • JDFTx.JDFTx болып табылады жазықтық-толқын функционалын тығыздығы коды, сатушы бірлескен теориясы функционалын тығыздығы [С. А. Петросян, Ригос а. А. және т. А. Ариас, Дж физ. химия. Б. 109, 15436 (2005)], қамтамасыз ету әсіресе қолайлы шеңбері үшін AB initio есептеулер электрохимиялық контексте, мысалы, электрондық жүйенің байланыста сұйық орталар.

Рәсімнің түрлендіру үшін әзірленген:

  • ABINIT.Abinit де қайта қаралып, жүзеге асыру мақсатында болжамды толықтырылған толқын (Лапу) сипаттау атомдар (мүмкін, былайша айтқанда, мүмкін ретінде қарау “pseudopotentials”). Модуль атымен “USpp2Abinit мүмкіндік береді салу лапу әлеуеті с ультрамягкой псевдопотенциала, генерацияланатын УСПП коды. Abinit нұсқасы 4.2.1 және одан жоғары болады, бұл мүмкіндігі. Қосымша ақпарат алу үшін, қараңыз

Бұдан басқа, мынадай несвободные пакеттер, сондай-ақ үйлесімді:

  • CPMD.”CPMD коды жазықтықта-толқын псевдопотенциала іске асыру тығыздығы функционалдық теориясы, атап айтқанда, үшін арналған компания AB-initio есептеулер молекулалық динамика. Оның алғашқы нұсқасы әзірленді бойынша Юрга Хуттера IBM Цюрих-зерттеу зертханасының бастап бірегей автокөлік-Парринелло кодтары. Ағымдағы нұсқасы 3.5 авторлық құқықпен қорғалады бірге IBM Corp және Макс планк Институты, Штутгарт, және тегін таратылады коммерциялық емес ұйымдар. Менің қолдайды нормасы ретінде сақтау және ультрамягкая pseudopotentials.
  • CASTEP.Коммерциялық бағдарламалық қамтамасыз ету қол жетімді жылғы Accelrys (бұрын Молекулярлық Моделдеу Инк). Жалпы мақсаттағы конъюгат-градиент проекциясының-толқын псевдопотенциала коды. Қамтиды өзінің жеке кітапханасына успп-73X-үйлесімді ультрамягкая pseudopotentials.
  • КАСПА.”Пілмай” (Конъюгат-Ультрамягкая градиенті Псевдопотенциала) пакет әзірленді тобында Д. Вандербильта 1990-шы жылдардың және қолданылған көптеген жылдар бойы, кейбір мүшелері Вандербильта” топтың бірнеше әйел. Бұл-энергия және күш бағдарлама мамандандырылған тиімді пайдалану үшін ультрамягкой pseudopotentials ал жағуға арналған оқшаулағыштар. Ағымдағы соңғы Бас релизі cusp5.6.1. Байланысdhv@physics.rutgers.edu толық ақпарат алу үшін немесе мәліметтерді алу үшін қол жеткізу туралы.
  • Ср.Бұл код пайдаланылады қазіргі уақытта топпен р. автокөлік Принстоне Университеті. Қосымша нормасы сақтау pseudopotentials, ол қолдайды ультрамягкой әлеуеті, порожденные осы пакет немесе сол “RRKJ3″ нысаны айтылатын байланысты PWSCF жоғары. Ол жүктелмеген с http://www.democritos.it/scientific.php.

Басқа белгілі Проприетарный кодты пайдаланады ультрамягкой потенциалдар болып табылады ДБП-гі пакеті. Алайда, ДБП-гі пайдаланады ультрамягкой потенциалдар құрастырып, пайдалана отырып, бірнеше өзге схемасы бірі осында іске асырылып жатқан. Осылайша, pseudopotentials алынды кітапхана қолданылады ретінде ДБП мүмкін емес импортталған жоғарыда келтірілген кодында пакеттерін, және керісінше.

Архив ертеректегі нұсқаларында

Мұрағат алдыңғы нұсқаларын да успп пакеті қол жетімді жерде. Бұл мүмкін болуы мүмкін болуы мүмкін пайдалы қарым-қатынаста совместимостью байланысты потенциалдар, генерацияланатын неғұрлым ерте пісетін нұсқаларының код.

Пікірлер

Жіберіңіздер өзінің ескертулерін немесе жақсарту бойынша ұсыныстар dhv@physics.rutgers.edu.

Алғыс және жауапкершіліктен бас тарту

Бұл веб-беттер сүйене отырып, жұмысын қолдап, АҚШ Ұлттық ғылыми қоры шеңберінде гранттар бойынша № 9981193, 0233925, 0549198 және 1005838. Кез келген пікір, нәтижелері, қорытындылар мен ұсынымдар айқын бұл материалда, авторға тиесілі болады және міндетті түрде көрсетеді көзқарасын, Ұлттық ғылыми Қоры.


Кері Вандербильта беттен.

Please send any comments on this page to dhv@physics.rutgers.edu.

 

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

You may use these HTML tags and attributes: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>